Внешне кипарис представляет собой многолетнее дерево высотой 18-25 м или кустарник (1,5-2 м в высоту). Форма его кроны весьма разнообразна. Кипарис быстрее всего растет в первые годы, а потом прибавляет всего несколько сантиментов. Продолжительность его жизни очень велика. Встречаются экземпляры возрастом более 2000 лет. Стволы бывают прямыми или искривленными. Они покрыты тонкой гладкой корой. На молодых отростках она светло-коричневая, но с годами приобретает серо-коричневый оттенок и бороздчатую фактуру.
Ветви с округлым или четырехугольным сечением покрыты мелкими листьями. В раннем возрасте они отстают, а потом плотно прижаты к побегам. Постепенно шиловидные листочки становятся чешуйчатыми. На наружной поверхности вполне отчетливо можно разглядеть желобок (масляную железу). Иногда она отличается не только рельефом, но и контрастной окантовкой. Длина сине-зеленой пластинки составляет 2 мм.
Кипарис относится к однодомным голосеменным растениям. Мужские и женские шишки (стробилы) встречаются на каждой особи. Мужские органы (микростробилы) выглядят, как небольшой стержень со спороносным листом (спорофиллом). Недалеко располагается женский генеративный орган – мегастробил.
